Летом 1999 года председателем ФК ЦСКА был избран Любослав Пенев, который инициировал преобразование юридического лица клуба из некоммерческого в акционерное общество, создав ПФК ЦСКА АД — форму, обязательную для всех профессиональных футбольных клубов. В то же время проигравший Илия Павлов учредил своё акционерное общество «ПСК ЦСКА АД» с главным тренером Стойчо Младеновым и рядом игроков, претендующих на правопреемство старого клуба. После месяца противостояния Павлов подал в отставку, и ПФК ЦСКА АД унаследовал место команды в «А» группе. В конце 1999 года Любослав Пенев передал контрольный пакет акций Василу Божкову.
Из-за невыплаченных финансовых обязательств ЦСКА перед «Нефтохимиком» за трансфер Митко Трендафилова БФС отказал в регистрации ряда игроков: Иво Тренчева, Георги Антонова, Генчо Симеонова, Пламена Крумова, Ивана Литера, Сашу Маркича, Ненада Лукича, Драгана Шараца, Сашу Ковачевича и Мирослава Савича. Они получили разрешение выступать только в ноябре 1999 года, после 12 туров «А» группы. К этому времени Лукич, Шарац, Ковачевич и Савич уже покинули клуб после ответного матча с «Ньюкаслом» 1 октября 1999 года.